Общая площадь Шегарского района в настоящее время составляет 5,0 тыс.км2.
На севере он граничит с Кривошеинским, на востоке - с Томским, на юге - с Кожевниковским, на западе - с Бакчарским районами Томской области. Южная часть территории Шегарского района занята в основном полями, а северо-западная - таежными ландшафтами и моховыми болотами. Общая площадь болот района - 110,6 тыс га.
В 4 км восточнее от с. Мельниково протекает важнейшая водная артерия Западной Сибири река Обь.
Шегарский район расположен в 60 км западнее от областного центра г. Томска, имеет важное значение в области не только как крупный производитель сельскохозяйственной продукции, но и важный автотранспортный узел. В районном центре (с. Мельниково) сходятся автотрассы федерального подчинения, ведущие на юг - в Новосибирскую область далее на Алтай, на запад - до Бакчара - Парабели - Кедрового, на север - до Колпашево и Каргаска и на восток - до Томска с выходом на Транссибирскую магистраль. Через территорию района проходят две важные коммуникации (трубопроводы) поставляющие нефть и газ предприятиям Томска и Кузбасса.
На территории района насчитывается 37 населенных пунктов, 6 сельских поселений. Административный центр - Мельниково.
Численность населения Шегарского района на 01 января 2021 года 19004 человека.
