Первая заимка в этих местах была поставлена, по данным районного архива, в 1576 году, когда династия Романовых еще не взошла на престол. А в 1704 году, при правлении Петра I, пеший казак Андрей Кузнецов продал свои земли по реке Шегарке пятидесятнику конных казаков Даниле Бабарыкину. Название старинное поселение получило по фамилии удачливого покупателя.
Долгие годы шло освоение и заселение местности, на которой со временем выросло большое и красивое село. До начала ХХ столетия Бабарыкино находилось на территории Богородской волости, Томской губернии. В 1905 году это село становится волостным центром, объединив деревни, которые входили в советское время в Бабарыкинский, Гынгазовский, Маркеловский, Анастасьевский сельсоветы, и часть земель с поселениями, отошедшими впоследствии к Кожевниковскому району. В конце 1924 года, Богородская и Бабарыкинская волости вновь объединились, а с лета 30-го года эти земли вошли в Кожевниковский район Томского округа Западно-Сибирского края. В 1929 году в Бабарыкино началось объединение в сельскохозяйственную артель. Люди объединялись неохотно, и агитаторам пришлось приложить немало усилий, чтобы убедить односельчан вступить в колхоз, который назвали в честь Блюхера. Позднее были организованы еще 2 колхоза – «Красное знамя» и «Искра». В 1936 году произошло образование Шегарского района, в который вошли земли всех колхозов Бабарыкинского сельсовета. За 10 лет коллективного хозяйствования в Бабарыкине все колхозы объединились в один – «Искру». В марте 1959 года завершилось объединение всех хозяйств Бабарыкинского сельского Совета созданием одного укрупненного колхоза имени Ленина с центром в селе Бабарыкино. В феврале 1961 года колхозы им. Ленина (Бабарыкино), «Путь к коммунизму» (Татьяновка), им. Сталина (Федораевка), «Прогресс» (Монастырка) и «Россия» (Маркелово) объединились в один совхоз «Россия» с центральной усадьбой в Маркелове. Впервые за всю свою историю Бабарыкино на 11 лет утратило роль административно-хозяйственного центра. В 1972 году бабарыкинцы и батуринцы выходят из совхоза «Россия» и образуют совхоз «Вперед» с центром в с.Бабарыкино. Начинается бурное строительство. Один за другим поднимаются новые, пахнущие смолой и свежестью, брусовые дома. В начале 70-ых годов отстроены заново магазины, ясли–сад, двухэтажный Дом культуры. В восьмидесятых появятся первые панельные дома 25-ой серии.
Перестройка свалилась селянам, как снег на голову. Все колхозы и совхозы прекратили свое существование. Люди заново стали учиться самоопределяться. Многие испытание на самостоятельность не выдержали.
По состоянию на 1 января 2022 года в с.Бабарыкино проживают 418 жителей.
Дети посещают среднюю школу, которая в течение многих лет является одной из лучших в районе. В рамках реализации национального проекта «Образование» Бабарыкинская школа признана лучшей школой России, получившей 1 миллион рублей на инновационную деятельность. Директором школы более 20 лет работает Заслуженный учитель РФ Моисеева Валентина Борисовна, депутат Думы Шегарского района.
Честью села здесь по праву являются орденоносцы бывшего колхоза «Вперед».
-Орденом Ленина была награждена Калинина В.А.;
-Орденом Трудового Красного Знамени – Коколова Н.П., Байгулов Н.И., Буйницкая О.А., Моисеев А.П.;
-Орденом Трудовой Славы – Дороницина Л.В. и Харитонова М.М.;
-Орденом Октябрьской Революции – Тарасевич А.К.;
-Шачнев М.М. получил медаль «За заслуги перед Отечеством».
Молодому поколению здесь есть на кого равняться.