В 1697 году на берегу реки Шегарки приобрел пригодные для заселения земли мужской Алексеевский монастырь. Руководством монастыря были привезены бедные, но вольные (не крепостные) мужики для работы на пашне. Так родилось село, население которого сложилось быстро.
Первые дома были построены там, где река делала большую петлю, образовывая полуостров. Население росло быстро. За четверть века до революции в Монастырке жили Севостьяновы, Ильиных, Киселевы, Даниловы, Пантелеевы, Марковы, Моисеевы, Еремины, Фокины, Старцевы, иностранец Вейдя Газди, Ткаченко и другие.
Около живописного озера Кулига был построен льнозавод. Большой луг у озера выбрали для раскладки льна, производство которого дело хлопотное, но выгодное. Немалый доход давало не только льняное волокно, но и масло. В 1961 году завод сгорел, восстанавливать его не стали: лен в эти годы ценности для Томской области не представлял. Это были годы, когда основное внимание руководства было обращено в сторону кукурузы.
В 1912 году село стало волостным центром. Жизнь монастырцев оживилась, стали шире торговые ряды на ярмарках, богаче товар на прилавках.
В 1924 году Монастырская волость перешла в Кривошеинский район.
К 1925 году в Монастырке были открыты школа, больница, изба-читальня и тоговая лавка. После революции, когда трудится в единоличном хозяйстве стало опасно, а кормить семью надо, в Монастырке образуется несколько небольших артелей. Одни закупают у населения шерсть и изготавливают валенки, другие выделывают кожи, третьи - шьют сапоги. Рыбаки образовали свою артель.
20 января 1936 года Монастырский сельсовет, который охватил Березовку, Коммуну, Покровку, вошел в Шегарский район. До войны в Монастырке насчитывалось около 400 дворов.
В 1940 году это большое село едва не поменяло свое старинное название, так как "...Монастырский носит позорное имя отжившего прошлого". После Победы стало легче: вернулись с фронта живые, подросли дети войны. Стало налаживаться то, что запустилось без мужского догляда и сильных рук. Первыми механизаторами колхоза были Дмитрий Севостьянов, Иван Майбородов, Владимир Королев. На комбайнах работали Кожевников Иван, Петухов Владимир - добросоветсные, честные труженики, на которых равнялись остальные.
С годами в Монастырке внедрили механизированную уборку навоза и раздачу кормов. Чехарда с объединениями и разукрупнениями хозяйств не обошла Монастырку.
В середине 60-х годов основное население села трудилось в совхозе "Шегарский". На фермах содержалось почти 3000 голов крупнорогатого скота, из них 1200 коров. Была и свиноферма, насчитывающая 3250 свиней. Численность работающих в совхозе доходила без малого до одной тысячи. В разные годы руководителями хозяйства работали В.И. Анарчук, В.И. Иванов, В.Н. Каплунов, А.С. Баймукашев, Н.П. Дюндик.
В середине 90-х годов совхоз переименовали в товарищество, но от разорения - новое название не спасло.
В начале ХХI века в Монастырке стало возрождаться единоличное хозяйство. Выращиванием хлеба на монастырских землях занимаются фермерские хозяйства: "Покровское" (владелец Николай Павлович Дюндик) и КФК "Гергерт И.Н." (владелец Гергерт И.Н.).
Щедра монастырская земля на талантливых ярких людей. Здесь родились Т.С. и П.С. Киселевы, написавшие трогательные стихи о родном крае. В Монастырской крестьянской семье корни удивительной женщины - Дины Романовны Вороновой, мастера редкого рукоделия - гильоширования. Старинное село, с красивым названием Монастырка, гордится поколением ушедшего века, прожившим свою жизнь трудно, но с честью.
На 01 января 2022 года в с.Монастырка проживают 519 человек.