До 1937 года Увал, Бошебрагино и Заполой.
В 1692 году получил казак Брагин из казны за преданную службу царю и отечеству в пожизненное владение «две рыбные тони на Оби» и поставил здесь свою заимку. Так во времена Петра I было положено начало деревне Большое Брагино. В двух километрах от этого селения на горе поселился еще один Брагин, основав деревню Увал. С 1937 года она получает новое название – Малое Брагино.
Когда в эти места прибыли ходоки с европейской части России, то решили не тесниться и выбрали себе место в километре ниже по течению от Большого Брагино. Там они отстроили себе 14 домов – красавцев в один ряд окнами на Обь.
В советские годы во время коллективизации в деревне Большое Брагино, где стояло около 60 дворов, образовался колхоз «1 год 2-й пятилетки», а в Малобрагино – «Большевик». Незадолго до войны старинное село с 250-летней историей – Большое Брагино – погибло. Восьмидесятилетняя жительница Малобрагино Н.П. Рак вспоминает об этом так: «Перед войной весной 1941 года во время ледохода на Оби началось сильное наводнение и затопило все Большое Брагино. Длинная льдина, высотой около 2 метров и длиной километра 2 проплывала мимо и снесла постройки в селе. Несчастные люди остались без жилищ, скотины, запасов продовольствия. За год все переехали в Увал (Малобрагино)».
В 1953 году все колхозы Малобрагинского сельсовета объединились в одно хозяйство с центральной усадьбой в Малобрагине и назвали его именм Булганина. В 1957 году по решению райисполкома его переименовали в «Красное знамя». Малобрагинцы разводили крупный рогатый скот, овец, построили свинокомплекс. В 1964 году на основании решения райисполкома были объединены колхозы «Новая жизнь» Каргалинского сельсовета, «Гигант» Трубачевского сельсовета, «Красное знамя» Малобрагинского сельсовета в укрупненную сельхозартель «Гигант» с центром в Каргале. 2 января 1973 года Малобрагино и Трубачево выделились в самостоятельный колхоз имени XXIV съезда КПСС. В 70-80-е годы шло бурное строительство. Появились новые улицы Кедровая (Молодежная) и Чувашская (Школьная). В те годы в село приехало более 20 семей из Чувашии. Был построен агрогородок из 16 домов 25-й серии. Пора материального благополучия была недолгой. Летом 1992 года на базе колхоза было зарегистрировано ТОО «Луговое», в настоящее время ТОО «Заозерное». В конце 90-х в селе успели построить еще 5 домов.
Малобрагино расположено на берегу реки Аверичево. В двух километрах от села протекает Обь. Летом сюда приезжают дачники, гости Томска порыбачить, отдохнуть. По берегам Оби располагаются заливные луга. В лесу много ягод черной и красной смородины, ежевики, калины, шиповника. Трудятся жители села, в основном, на личном подворье.
На 01 января 2022 года в Малобрагине проживают 302 человека.